1. 各プラグインで使っているファイルをメモしておく
どのプラグインがどのファイルを使っているのかを残しておけば、
不要になった時もどのファイルを消したりするかが分かりやすい
iOS, Android用も問わず
記載したAndroidManifest.xmlもメモするのも良い
2.C#を選ぶ
UnityScriptを選ぶのは開発スピード的にも情報量的にも愚かな選択です。
プロジェクトに元Flash開発者とかがいて「慣れてるから〜」というエンジニアで有るまじき選択方法を強いられることもあるが、抵抗しましょう。
エンジニアであれば新しい言語も選ぶのが当然。
Arrayをうっかり使ってしまうのもUnityScriptならではのこと。C#を選べばこの辺りも取り越し苦労しなくてOK。
3. 最終的なiOSの設定
こちらを読もう
http://d.hatena.ne.jp/nakamura001/20110702/1309606704
4. iOSのチューニング
こちら参考：http://docs-jp.unity3d.com/Documentation/Manual/iphone-playerSizeOptimization.html
Security、 Reflection.Emit、 Remoting、 non Gregorian calendarsなどのライブラリを使わなければ削減できる。
SystemおよびSystem.Xmlも。
5. logcatを入れておく
Androidはこれを使えばログが見られます
