Scenesのフォルダ構成を変える場合は、SceneOverlayを書き換える必要がある。
このようにフォルダ構成をかえて、各シーンをBase配下に配置した。
この場合、以下のようにLoadScenesToOverlayメソッドを書き換える
SceneOverlay.cs(私が書き換えたC#版です。)
public void LoadScenesToOverlay() { var overlay = GameObject.Find("_overlay"); foreach (string name in mergeScenes) { EditorApplication.OpenSceneAdditive("Assets/Scenes/Base/" + name + ".unity"); }